एक इम्यूनोफ्लोरेसेंस प्रयोग निम्नलिखित प्रमुख चरणों पर आधारित है:
1. विशिष्ट एंटीबॉडी ब्याज के प्रोटीन से बंधते हैं।
2. माइक्रोस्कोपी का उपयोग करके ब्याज की प्रोटीन की कल्पना करने के लिए फ्लोरोसेंट रंगों को इन प्रतिरक्षा परिसरों से जोड़ा जाता है।
यह प्रत्यक्ष और अप्रत्यक्ष इम्यूनोफ्लोरेसेंस के बीच प्रतिष्ठित है। प्रत्यक्ष इम्यूनोफ्लोरेसेंस में, प्राथमिक एंटीबॉडी को सीधे एक फ्लोरोफोर (जिसे फ्लोरोक्रोम भी कहा जाता है) से जोड़ा जाता है, जिससे आसान संचालन और त्वरित दृश्यता की अनुमति मिलती है। अप्रत्यक्ष इम्यूनोफ्लोरेसेंस में, एक माध्यमिक फ्लोरोफोर-युग्मित एंटीबॉडी, जो विशेष रूप से प्राथमिक एंटीबॉडी से बांधता है, का उपयोग ब्याज की संरचना की कल्पना करने के लिए किया जाता है।
हालांकि दूसरा दृष्टिकोण प्रत्यक्ष इम्यूनोफ्लोरेसेंस की तुलना में अधिक समय लेने वाला है, इसके कई बड़े फायदे हैं, जैसे कि यह आम तौर पर कम खर्चीला है, क्योंकि माध्यमिक एंटीबॉडी का उपयोग विभिन्न प्राथमिक एंटीबॉडी के लिए किया जा सकता है। इसके अलावा, विशिष्ट माध्यमिक एंटीबॉडी के साथ कई प्राथमिक एंटीबॉडी के संयोजन से एक एकल नमूने (बहुरंगा इम्यूनोफ्लोरेसेंस) में समानांतर में कई प्रोटीनों की विशेष रूप से कल्पना की जा सकती है - उनमें से प्रत्येक को एक अलग फ्लोरोफोर के साथ लेबल किया गया है।
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